本系成立的目的在於解決馬祖偏鄉的高等教育問題，培養馬祖當地最需要的人才，創造就業服務的機會。因此本系學生將利用學期或暑期期間在馬祖進行短期實習，以及到福建省進行半年實習，將在校所習得之知識與工作相互應證外，提高學習效果，並可累積職場工作經驗，對未來就業有所幫助。

本系學生除了修習海洋生技專業課程外，並修習海洋生物產業學群(生命科學、水產養殖科技、食品科技)為二主修，兼具海洋生技專業學識及海洋生物產業實務的了解，對進入馬祖或福建企業更有相對性的優勢。其就業市場分析如下：

生命科學學群：

進修管道	生物科技相關研究所 化學相關研究所   生物化學暨分子生物相關研究所
就業趨勢	學術界：工研院、食工所、中研院、公私立大學研究人員或助理或大專院校生物相關系所、高中職及國中小教師等。 產業界：生物科技、光電與化學產業、醱酵工業、蛋白質藥物等產業。 公共行政：國科會、農委會、環保署、衛生署等生技相關機關或地方政府、經建會、經濟部、中央標準局等間接相關機關。

水產養殖科技學群：

進修管道	水產相關研究所 生命科學、生物及生化相關研究所 分子生物及生物技術相關研究所
證照資格	專技高考：水產養殖技師 高考：養殖技術、漁業技術、海洋資源、環保技術、生物技術農業化學、自然保育、生物多樣性、 化學工程、衛生檢驗、環境檢驗、農畜水產品檢驗、商品檢驗、衛生技術等類科 普考：養殖技術、漁業技術、衛生技術、海洋資源、環保技術
就業趨勢	實際現場養殖、水產顧問公司、水族公司、海洋博物館、飼料研究開發、生物技術相關產業及參加漁技團出國服務友邦及水產或生物等相關產業。 政府機構：行政院農委會、漁業署、水產試驗所、各縣市政府漁業課或觀光課、全國各區漁會等。 教育機構：大專院校水產與生物相關系所教師、海事水產職校、國中小教師、中研院或其他研究單位之研究人員或助理等。   其他行業包括：醫葯、電腦資訊、貿易、金融保險、中小學教職等。

食品科技學群：

進修管道	食品科學相關研究所 生物科技相關研究所 微生物與生物化學相關研究所
證照資格	專技高考：食品技師 高考：食品衛生檢驗、環境檢驗、農畜水產品檢驗、商品檢驗、農業化學、生物技術
就業趨勢	食品相關產業：統一、味全、大成長城、愛之味、聯華食品、麥當勞、新和興、光泉、可口、掬水軒、味王、味丹、佳格、桂冠、裕馨香料、嘉豐、碁富、憶霖、一之鄉、依莎貝爾、裕元、振芳等公司。 漁業相關產業：福壽飼料、泰山飼料、台灣綠藻、東海綠藻、全興水產國際等公司等。 政府機構：農委會、衛生部、漁業署、商品標準檢驗局、食品藥物檢驗局、工業局、環保署、國科會（科技部）、各縣市政府衛生局、各縣市政府海洋漁業局或農業局等。 研究機構：中央研究院、生物技術開發中心、水產試驗所、食品工業發展研究所、生產力開發中心、中華穀類食品工業技術研究所等。 教育機構：海洋大學食品科學系、生命科學系與水產養殖學系、臺灣大學食品科技研究所、東海大學、靜宜大學、輔仁大學、嘉義大學、澎湖科技大學、屏東科技大學、高雄海洋科技大學、宜蘭大學、金門大學、嘉南藥理科技大學、大仁科技大學院、中華醫事科技大學、元培科技大學、台北海洋技術學院、高雄餐旅大學、基隆海事、澎湖海事、蘇澳海事、龍潭農工及北門農工等。 其他：儀器藥品公司、物流業、貿易業、行銷業、管理業、服務業、農業科學資料服務中心、GMP協會、泛球藥理、SGS等。